La paraphrénie affective a une évolution rémittente-progressive ou purement progressive sur un mode plus insidieux se manifestant principalement au début sous la forme d’un syndrome de référence. De plus, on observe souvent des fluctuations affectives allant soit dans le sens d’une anxiété soit dans celui d’une extase au cours de la phase initiale du phénotype, mais aussi dans une moindre mesure plus tard au cours de l’évolution. L’affect est toujours associé à une construction idéative pathologique. Avec un affect anxieux on retrouve des idées de référence souvent accompagnées par des hallucinations. Celles-ci s’observent aussi lors d’un affect extatique, principalement caractérisés par des idées de de grandeur ou érotomanes. Au début il peut être difficile de la différencier d’une psychose d’anxiété-félicité dont le pronostic est plus favorable. Mais, en général, il devient assez clair que les idées délirantes et les hallucinations ne sont pas uniquement le produit de l’anxiété et de l’extase, mais sont empreintes d’un certain illogisme. Les sensations cénesthésiques anormales que les patients atteints de psychose d’anxiété-félicité attribuent essentiellement à leur état anormal, a dans la paraphrénie affective, et souvent dès le début, un caractère hallucinatoire dans le sens où les patients les rapportent à une influence extérieure. Les fluctuations affectives sont souvent associées à une irritabilité qui se développe progressivement, de préférence à partir d’une anxiété. Il en résulte un syndrome de référence irrité, consistant moins en des interprétations anxieuses qu’en des interprétations hostiles de l’environnement. La paraphrénie affective peut rester en permanence à ce stade. De la même façon, une humeur légèrement extatique peut constituer un état persistant et générer un délire chronique de grandeur. Enfin, plus fréquemment encore, l’affect pathologique peut mélanger les deux polarités, de sorte que des idées délirantes de persécution coexistent avec un délire de grandeur. Les idées délirantes sont partiellement systématisées, mais cette caractéristique peut occasionnellement être plus prononcée et reproduire ainsi le tableau clinique de paranoïa au sens de Kraepelin.

Le plus souvent cependant, la paraphrénie affective ne s’arrête pas à ce stade, et continue de progresser. Le caractère illogique des idées délirantes, qui est une tendance souvent déjà présente dès le début, s’affirme de plus en plus, résultant finalement en une présentation fortement fantastique avec un délire de grandeur, des faux souvenirs, des erreurs de reconnaissance des personnes, des idées absurdes et des hallucinations pouvant impliquer tous les sens. Ces manifestations sont rarement aussi marquées que dans les formes systématisées de schizophrénie ayant une composante fantastique. De plus certains symptômes peuvent être absents, alors que d’autres peuvent être anormalement au premier plan. La clé du diagnostic repose sur l’expression comportementale de l’affect. Alors que les patients atteints de paraphrénie systématisée de type fantastique ne semblent pas avoir de lien émotionnel profond avec leur monde délirant et peuvent en parler avec un certain détachement, le délire des patients atteints de paraphrénie affective reste fermement ancré dans l’affect. Les patients évoquent leurs idées délirantes soit avec agacement soit avec orgueil. Cet affect paranoïde est tout aussi présent même lorsque les idées sont absurdes. Pour autant, les patients présentent plutôt un émoussement affectif dès lors que cela ne concerne pas leur monde délirant.